Myšlienka založenia múzea v Senci sa vo verejnom živote objavovala už aj v minulosti a to veľmi oprávnene. Inštitúcia podobného charakteru so zameraním svojej pozornosti na okolitý región vždy absentovala. V bývalom okrese Bratislava – vidiek bolo síce (a existuje dodnes) múzeum zaradené v sieti múzeí v Pezinku, svojou činnosťou však bolo obmedzené na malokarpatský región. Ďalšie vlastivedné múzeum existuje v Galante, jeho spádové územie však končí na hraniciach bývalého okresu Galanta (dnes okresy Galanta a Šaľa). Bývalá sieť štátnych múzeí zákonite nemohla pokryť každú teritoriálnu oblasť. V súčasnosti je badateľná snaha funkčne doplniť existujúce múzeá o vysunuté expozície. Vznikajú aj tzv. obecné vlastivedné domy a mestské múzeá, spravidla v spolupráci s príslušným vlastivedným múzeom. Takéto mestské múzeum existuje na okolí Senca napr. v Pezinku, ale aj v Seredi.
Mestské múzeum v Senci vznikalo v období rokov 2007 – 2009 a na jeho tvorbe sa zúčastnil široko koncipovaný odborný tím pod vedením zoológa doc. RNDr. Petra Fedora, PhD. Slávnostné otvorenie inštitúcie sa konalo dňa 28. januára 2010 v budove Tureckého domu – renesančnej kúrii, stojacej na seneckom námestí. Múzeum od októbra 2010 patrí medzi registrované múzeá na Ministerstve kultúry SR.
Autormi projektu múzea a hlavnými zostavovateľmi stálych expozícií sú:
Doc. RNDr. Peter Fedor, PhD (zoológ)
Mgr. Gábor Strešňák (archivár – historik)
Mgr. Tomáš König, PhD (archeológ)